Desain dan Studi In Silico Senyawa Daun Kelor (Moringa oleifera) sebagai Kandidat Antimikroba terhadap Staphylococcus aureus
Abstract
Infeksi adalah suatu penyakit dimana bakteri patogen masuk ke dalam tubuh dan berkembang biak sehingga menimbulkan penyakit. Bakteri patogen Staphylococcus aureus bisa menyebabkan infeksi pneumonia yang terjadi karena peradangan pada alveoli. Tujuan penelitian ini adalah untuk menemukan kandidat obat dari 68 senyawa daun kelor sebagai antibakteri S. aureus. Metode yang diujikan meliputi skrining toksisitas, farmakokinetik, drug scan, penambatan molekul, visualisasi docking, serta simulasi molekuler dinamik secara in silico. Hasil toksisitas dan farmakokinetik dengan menggunakan web server PkCSM terdapat 8 senyawa yang lolos dan memenuhi kriteria. Hasil penambatan molekul dengan menggunakan PyRx nilai binding energy yang rendah yaitu -8.02 dan -6.19 masing-masing pada senyawa genistein dan benzylamine, dapat dibuktikan dengan simulasi molekuler dinamik selama 100 ns menggunakan Desmond yang berinteraksi dengan sisi aktif terhadap reseptor inhibitor benzamide pada residu asam amino Gln 192, Leu 209, Gly 227, Asn 243, Val 310, serta memiliki interaksi yang stabil pada waktu 66-100 ns. Hasil ini menunjukkan bahwa genistein menunjukkan potensi antibakteri yang lebih unggul dibandingkan linezolid dan bisa menjadi agen antibakteri yang menjanjikan melawan S. aureus.
Keywords
Full Text:
PDF (Bahasa Indonesia)References
Dinas Kesehatan Provinsi Jawa Barat. Data Prevalensi Pneumonia di Jawa Barat. Dinkes:Jawa Barat;2023.
Salsabil AD, Rochmanti M, Widodo ADW. Vancomycin Monotherapy vs Alternative Antibiotics for MRSA Patients: A Systematic Review. Inter J of Res Public. 2022;92(1):124-5. http://dx.doi.org/10.47119/IJRP100921120222689.
Widyastrinia DMD, Cahyaningsih E, Wardani IGAK. Aktivitas Antibakteri Ekstrak Tanaman Obat Terhadap Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA). J Integ Obat Trad. 2021;1(1):30-7.
Kato H, Hagihara M, Asai N, Shibata Y, Koizumi Y, Yamagishi Y, Mikamo H. Meta-analysis of vancomycin versus linezolid in pneumonia with proven methicillinresistant Staphylococcus aureus, J of Glob Antimicro Resist. 2021;24:98-105. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2020.12.009.
Hashemian SMR, Farhadi T, Ganj Parvar M. Linezolid: a review of its properties, function, and use in critical care. J Drug Des Dev and Ther. 2018;12:1759-67. https://doi.org/10.2147/dddt.s164515.
Tunas TH, Edy HJ, Siampa JP. Efek antibakteri ekstrak etanol daun kelor (Moringa oleifera L.) dan sediaan masker gel peel-off ekstrak etanol daun kelor (Moringa oleifera L.). J MIPA. 2019;8(3):112-5. https://dx.doi.org/10.35799/jmuo.8.3.2019.25778.
Kumar S, Pandey AK. Chemistry and biological activities of flavonoids: An overview. Sci World J. 2013;162750.https://doi.org/10.1155/2013/162750.
Farhan M. Penambatan Molekuler Senyawa Aktif Okra (Abelmoschus esculentus L.) Pada Enzim AlfaGlukosidase Sebagai Kandidat Obat Antidiabetes Melitus. Bogor: Institut Pertanian Bogor;2019.
Ruswanto R, Mardianingrum R, Siswandono S, Kusuma D. Reverse Docking, Molekular Docking, Penyerapan, Distribusi, dan Prediksi Toksisitas Artemisinin Sebagai Kandidat Anti Diabetes. Molekul. 2020;15(2).88-96. http://dx.doi.org/10.20884/1.jm.2020.15.2.579.
Ratu BDPM, Bodhi W, Budiarso F, Kepel BJ, Fatmawati, Manampiring A. Molecular Docking Senyawa Gingerol dan Zingiberol Pada Tanaman Jahe Sebagai Penanganan Covid-19. E Biomed. 2021;9(1):126-30. https://doi.org/10.35790/ebm.9.1.2021.32361.
Silber N, Matos de Opitz CL, Mayer C, Sass P. Cell Division Protein FtsZ: From Structure and Mechanism to Antibiotic Target. Fut Microb. 2020;15:801–31. https://doi.org/10.2217/fmb-2019-0348.
Ruswanto R, Nofianti T, Mardianingrum R, Lestari T. Desain dan Studi In Silico Senyawa Turunan Kuwanon-H sebagai Kandidat Obat Anti-HIV. J Kim Valen. 2018;4(1):57‒66. http://dx.doi.org/10.15408/jkv.v4i1.6867
Mardianingrum R, Endah SRN, Suhardiana E, Ruswanto R, Siswandono S. Docking and molecular dynamic study of isoniazid derivatives as antituberculosis drug candidate. J Chem Data Coll. 2021;32:10067. https://doi.org/10.1016/j.cdc.2021.100647.
Suherlan S, Rohayah, Fakih TM. Uji Aktivitas Antikanker Payudara Senyawa Andrografolida Dari Tumbuhan Sambiloto (Andrographis Paniculata (Burm F) Ness) Terhadap Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (Her-2) secara In Silico. J Ilm Farm. 2021;4(2):39-50. http://dx.doi.org/10.29313/jiff.v4i2.7784.
Ruswanto R, Khasanah NUG, Wardani AG, Mardianingrum R. Synthesis and Computational Study of Bis-(1-(3-Chlorobenzoyl)-3-Phenylthiourea) Cobalt (III) as Anticancer Candidate. J Kim Sains dan
Apl. 2023;26(7):238-48. https://doi.org/10.14710/jksa.26.7.238-248.
Ruswanto R, Mardianingrum R, Yanuar A. Computational Studies of Thiourea Derivatives as Anticancer Candidates through Inhibition of Sirtuin-1 (SIRT1). J Kim Sains dan Apl. 2022;25(3):87-96. https://doi.org/10.14710/jksa.25.3.87-96.
Gatne MM, Chaudhary A, Ravikanth K. Acute oral toxicity study of polyherbal formulation AV/KPC/10. Inter J of Biomed and Adv Res. 2015;6(3):281-3. http://dx.doi.org/10.7439/ijbar.v6i3.1619.
Syahputra G, Ambarsari L, Sudadi. Simulasi Docking Kurkumin Enol, Bisdemetoksikurkumin dan Analognya sebagai Inhibitor Enzim12-Lipoksigenase. J Biofis. 2014;10(1):55-67.
Kilo AL, Aman LO, Sabihi I, Kilo JL. Study of Potential of 1-N-Substituted Pyrazoline Analogues of Thiosemicarbazones as Antiamoebic Agent using In Silico Sreening. J Chem Res. 2019;7(1):9-24. http://dx.doi.org/10.30598//ijcr.2019.7-akr.
Maya M, Ruswanto. Simulasi Dinamika Molekular Senyawa Pyridin pada Protein 2Xnb sebagai Antikanker Menggunakan Aplikasi Gromas. Prosiding Seminar Nasional dan Penelitian Kesehatan;2019.
Daslina, Derwin E, Djamal A. Pengaruh Pemberian Glutamin Pada Kemampuan Fagositosis Makrofag Terhadap Pseudomonas aeruginosa. J Kes Andalas. 2015;4(3):659-95.
Wahyudiati D. Biokimia. Mataram:LEPPIM MATARAM; 2017.
Kamble C, Chavan R, Kamble V. A Review on Amino Acids. Research & Reviews. A Journ of Drug Des & Discov. 2021;8(3):19-27. https://doi.org/10.37591/RRJoDDD
DOI: https://doi.org/10.18860/jip.v9i2.29099
Refbacks
- There are currently no refbacks.
Copyright (c) 2024 Journal of Islamic Pharmacy
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
© 2023 Journal of Islamic Pharmacy